Efendiler, Ferit Paşa Hükûmeti'nin düşmesi, memlekette kararsızlık içinde bulunan bazı yerlerin de duyguları ve maneviyatları üzerinde olumlu etki yaptı.Her tarafta sivil ve askerî âmirler başta olmak üzere, teşkilâta hız verildi.
Ali Fuat Paşa, batıdaki illerin hemen hepsi ile ilgilendi. Eskişehir, Bilecik ve arkasından Bursa bölgelerinde bizzat dolaşmak ve gereken kimselerle haberleşmek suretiyle çalışıyordu.
Balıkesir'de bulunan Albay Kâzım Bey (Meclis Başkanı Kâzım Paşa), o bölgenin millî teşkilât ve askerî hazırlıklarıyla ilgileniyor ve uğraşıyordu.
Bursa'da bulunan Albay Bekir Sami Bey, 8 Ekimde, Ferit Paşa'nın adamı olan valiyi İstanbul'a göndererek, Kongre'nin kararlarını uygulatmaya başlatmış ve bir merkez hey'eti oluşturmuştu.
Millî teşkilât ile uğraşıldığı kadar, milletvekili seçimi ile de büyük bir ilgiyle uğraşılıyordu.
Memleketteki bütün millî kuruluşların aynı ad altında, Hey'et-i Temsiliye'ye bağlı olması ilkesi izleniyordu. Eskişehir, Kütahya, Afyonkarahisar bölgelerinde teşkilâtın kuvvetlendirilmesi için, Aydın, Konya, Bursa, Balıkesir bölgelerinde bağlantı kolaylığı sağlayıcı tedbirler alınıyordu.
Batı Cepheleri üzerinde Harbiye Nezareti'ne bilgi veriliyor, hükûmetçe ne gibi işler ve tedbirler düşünüldüğü de sorularak hükûmetin ilgisi çekilmeye çalışılıyordu.
Efeler tarafından idare edilen Aydın cephesindeki kuvvetlere bir komutan gönderme konusu düşünülmeye başlandı. İşgal altındaki yerlerde gizli millî teşkilât kurulması için 14 Ekimde Ali Fuat Paşa'ya ve Afyonkarahisar'daki 23'üncü Tümen Komutanı Ömer Lütfü Bey'e yazıldı.
Bununla birlikte, bu tarihlerde, daha bazı yerlerden amacın iyice anlaşılamadığı görülüyordu. Örnek olarak, Redd-i İlhak Cemiyetleri'nin kendi adlarına tebliğler yayınladıkları oluyordu.
10 Ekim 1919 tarihinde Redd-i İlhak Cemiyeti Başkanı'nın imzası ile gönderilen bir yazıda, 20 Ekimde büyük bir kongrenin toplanacağı, bu kongreye iki temsilci gönderilmesi illerden isteniyor ve birtakım tedbirler alınması bildiriliyordu.
Öbür taraftan, Karakol Cemiyeti'nin de İstanbul'dan başka Bursa yöresinde de faaliyette bulunduğu anlaşıldı.
Bu dağınıklığın önüne geçmek için gereken tedbirler alındı.
Özellikle, Ali Fuat Paşa'ya, Balıkesir'de Kâzım Paşa'ya, Bursa'da Bekir Sami Bey'e, Bursa Merkez Hey'eti'ne gerektiği şekilde yazıldı (Belge: 155).
İtilâf ve Hürriyet Cemiyeti de düşmanlarla birlikte Anadolu'da millî dâvâya karşı örgütlenmek üzere yetmiş beş kişi kadar göndermiş. Bu haber alındı. Kolorduların dikkati çekildi.
İstanbul'da gizli çalışmaya karar verildi. Teşkilâtın genişletilmesi için Trakya'ya Cafer Tayyar Bey vasıtasıyla talimat verildi.